Přechodné období: sametový rozvod a poté
V důsledku strukturálních změn v Akademii a rozpočtových omezení došlo také k drastickému snížení počtu zaměstnanců, což ohrozilo kontinuitu některých oborů. Přesto ústav a jeho orientalisté nadále vytrvali.
Velbloud je symbolem ústavu od roku 1997. Poprvé se jím stal zásluhou sinologa PhDr. Vladimíra Liščáka. Podle indologa PhDr. Jaroslava Strnada: „Vyobrazení bylo původně realistické, teprve před osmi lety se změnilo na origami, snad aby lépe reprezentovalo ty oblasti Asie, kde velbloudi nejsou. Zdá se, že náš velbloud, jak trpělivé a houževnaté zvíře to je, tuto částečnou metamorfózu ustál bez úhony.“
Řád maltézských rytířů vznesl restituční nároky na historickou budovu v Lázeňské ulici, a tak se ústav musel na jaře 1993 přestěhovat do akademického areálu v Praze 8.
V roce 1994 dostal ústav darem cennou knihovnu amerického sinologa Johna Kinga Fairbanka. Profesor historie na Harvardově univerzitě John King Fairbank (1907-1991) je považován za zakladatele čínských historických studií v USA. Před svou smrtí v roce 1991 vyjádřil přání, aby anglická část jeho knihovny putovala do neanglicky mluvící země. Jeho manželka Wilma si vzpomněla na profesora Jaroslava Průška (1906-1980), bývalého ředitele Orientálního ústavu a předního odborníka na moderní čínskou literaturu, s nímž se s manželem přátelila od 60. let 20. století. Jaroslav Průšek byl tehdy v USA na pozvání Americké asociace asijských studií. Kromě účasti na jejím valném shromáždění měl možnost seznámit se s americkými badateli a centry sinologie. Paní Fairbanková se tedy rozhodla nabídnout manželovu anglofonní knihovnu Orientálnímu ústavu.
Jiří Prosecký působil v Orientálním ústavu v letech 1978-2019. Začínal v knihovně a později jako vědecký pracovník v oddělení Blízkého východu a Afriky. V letech 1994-2002 byl zástupcem ředitele ústavu. V roce 1987 se během studijního pobytu v Iráku podílel na výzkumu starověkého města Sippar jižně od dnešního Bagdádu. Je autorem knih zabývajících se dějinami akkadské (babylonsko-asyrské) literatury a spoluautorem kolektivních monografií a encyklopedií, překládal také publikace zabývající se dějinami a náboženstvím starověké Mezopotámie a Předního východu.